Le nouvel arbre des origines :
quels liens entre les races ?
Une comparaison d'ADN a permis de répartir 161 races de chiens en groupes plus importants appelés clades
(de couleurs différentes sur le shéma) en fonction de leurs ancêtres communs.
NDLR : bien que fort intéressant, cet arbre établit des parentés n'excédant par 200 ans.
"La plus grande analyse génétique réalisée à ce jour a permis de comprendre comment ces races sont apparues, quelles sont celles qui sont vraiment proches et ce qui rend certains chiens plus sensibles à certaines maladies.
"Elles montrent qu'en utilisant la génétique, vous pouvez vraiment montrer ce qui se passait lorsque les éleveurs créaient ces races", explique Elinor Karlsson, une biologiste informaticienne du
centre médical de l'université du Massachusetts à Worcester qui n'a pas participé aux travaux.
Lorsque les chiens ont été domestiqués pour la première fois - il y a probablement 15 000 à 30 000 ans - les gens ont choisi les meilleurs chasseurs, gardiens de maison et gardiens de troupeau
pour être leurs meilleurs amis, en fonction de leurs besoins. Il y avait des chiens pour la guerre et pour les câlins, pour la fourrure et la viande, et pour être de bons compagnons. Aujourd'hui,
il existe environ 350 races de chiens, chacune ayant des caractéristiques et des comportements spécifiques. Beaucoup ont vu le jour au cours des 200 dernières années. Certaines études ont défini
la génétique d'un nombre relativement restreint de races, mais aucune n'a été suffisamment complète pour montrer comment et quand la plupart ont vu le jour. "Toute la période entre la
domestication et aujourd'hui était une boîte noire", déclare Karlsson.
Elaine Ostrander et Heidi Parker, généticiennes au National Human Genome Research Institute de Bethesda, Maryland, et leurs collègues ont passé 20 ans à aller aux expositions canines, à écrire
aux amateurs de chiens et à obtenir de l'aide des quatre coins du monde pour collecter des échantillons d'ADN ; dans certains cas, elles ont utilisé des données déjà recueillies. Ils ne
s'intéressaient pas à la manière dont les chiens étaient domestiqués et à la date de leur domestication, mais à la manière dont toutes les races se développaient. Leur échantillon comprend
aujourd'hui 1346 chiens représentant 161 races, soit un peu moins de la moitié de tous les types de chiens. En comparant les différences à 150 000 endroits du génome de chaque chien, ils ont
construit un arbre généalogique. "La portée de l'analyse est très impressionnante, un tour de force sur l'évolution des races", déclare le biologiste évolutionniste Robert Wayne de l'Université
de Californie, Los Angeles, qui n'a pas participé aux travaux.
Presque toutes les races ont été regroupées en 23 grands groupes appelés clades, dont l'équipe donne aujourd'hui les détails dans Cell Reports. Bien que génétiquement définis, les clades avaient
également tendance à rassembler des chiens ayant des traits similaires : ainsi, les boxers, les bulldogs et les Boston terriers, tous élevés pour leur force, tombent dans un clade, tandis que les
bergers, comme les chiens de berger, les corgis et les collies, tombent dans un autre, et les chasseurs, comme les retrievers, les épagneuls et les setters, dans un troisième.
Le regroupement de différentes races qui se partagent des tâches particulières suggère que les anciens éleveurs élevaient probablement des chiens dans des buts spécifiques, choisissant de s'occuper de ceux qui étaient les meilleurs pour la garde ou pour garder les troupeaux. Puis, au cours des 200 dernières années, les gens ont subdivisé ces grands groupes en races.
Mais les données montrent aussi comment certaines races ont contribué à en créer d'autres, car elles partagent un ADN à plusieurs clades. Le carlin, l'un des premiers petits chiens, qui venait de Chine, a été utilisé en Europe à partir des années 1500 pour réduire d'autres races. Ainsi, l'ADN du carlin fait partie de nombreux autres génomes de chiens miniature et de petits chiens, explique M. Parker.
"C'est très excitant", déclare Peter Savolainen, généticien évolutionniste à l'Institut royal de technologie de Solna, en Suède, qui n'a pas participé aux travaux. "Cela montre comment des traits attrayants d'une race ont été utilisés pour créer de nouvelles races".
Le fait d'avoir ces clades aidera les vétérinaires à repérer les problèmes génétiques potentiels, explique M. Parker. Par exemple, auparavant, les vétérinaires ne pouvaient pas vraiment
comprendre pourquoi une maladie génétique appelée anomalie de l'œil du colley, qui peut déformer différentes parties de l'œil et se manifeste chez les collies, les border collies et les bergers
australiens, se produit également chez les retrievers de Nouvelle-Écosse. Mais l'analyse génétique montre que ce retriever a des ancêtres colley ou bergers australiens qui peuvent avoir transmis
le gène défectueux. "Le mélange a entraîné le partage de régions génomiques spécifiques abritant des mutations qui provoquent des maladies chez des races très différentes", explique Wayne.
Wayne et Karlsson soulignent tous deux que pour fournir plus de détails, les chercheurs devraient s'efforcer de comparer des génomes entiers - la totalité des 2,5 milliards de bases. Et
comme le souligne M. Savolainen, ce travail "est un très bon premier pas vers l'origine de toutes les races de chiens, mais la moitié des races sont encore manquantes". Ostrander et Parker disent
qu'ils considèrent cette publication comme un point médian, et non comme un point final. "Nous sommes arrivés à un point où nous pouvons commencer à faire certaines des choses que nous voulions
faire", explique Ostrander. "Nous n'avons pas fini."Par Elizabeth Pennisi (25 avril 2017)
Source :
www.sciencemag.org/news/2017/04/where-did-your-dog-come-new-tree-breeds-may-hold-answer
H. G.Parker et. al. Cell Reports 19 (25 avril 2017) © Elsevier Inc.
D'où vient votre chien ?
Un nouvel arbre de races peut détenir la réponse
L'origine des chiens modernes commence il y a des dizaines de milliers d'années, mais comment un loup devient-il un pomeranien ?
L'origine des chiens modernes remonte à des dizaines de milliers d'années (entre 20 000 et 40 000), lorsque les humains ont domestiqué un ancien parent des loups actuels. Depuis lors, l'homme a
procédé à des croisements délibérés et sélectifs, créant au départ des chiens spécialisés dans l'élevage, la chasse et la garde.
Puis ce fut l'explosion de la race victorienne. Au milieu du XIXe siècle, il y a eu une période d'innovation et de codification intense dans l'élevage de chiens, donnant naissance non
seulement à une diversité de races, mais aussi au concept même de "race". Au cours de ce boom, des lignées canines disparates ont été délibérément croisées afin d'améliorer les traits
favorables ou de diluer les traits indésirables. Les croisements ont également été effectués dans le but de créer de nouvelles races, en sélectionnant les caractéristiques esthétiques. Cela a
créé une relation désordonnée et entrelacée entre les différents types de chiens, les détails de l'origine d'une race n'étant parfois consignés que dans l'histoire orale.
Ce n'est qu'avec la publication d'une étude génétique de référence en 2017 que nous avons pu nous faire une idée
plus précise des relations entre toutes ces races.
Un chien à la broche au travail dans une roue près du plafond. Le "chien à roue est une race éteinte qui a été créée à l'origine pour retourner la viande à rôtir. Illustration : Henry Wigstead/Wikimedia
Les chercheurs du National Human Genome Research Institute aux États-Unis ont analysé l'ADN de 161 races pour créer un arbre généalogique des races de chiens. L'arbre regroupe les races en
catégories selon leur histoire commune. Ces groupes, appelés clades, reflètent le fait que pour une grande partie de leur histoire de domestication, les chiens n'étaient connus que par le type de
service qu'ils offraient à l'humanité. Les chiens de chasse forment une famille comprenant les retrievers et les setters, les chiens de troupeau comprennent les bergers et les chiens de
berger.
Le Dr Elaine Ostrander est responsable de la génétique du cancer et de la génomique comparative à l'institut et a été la chercheuse responsable de l'étude de 2017, dans le cadre du projet de
génome canin de l'Institut national de la recherche sur le cancer.
"Ce que nous voulions savoir, c'est comment les races de chiens sont liées entre elles", a-t-elle déclaré.
"Nous savons que la plupart des races n'existent que depuis l'époque victorienne. Il y avait des amateurs en Europe qui voulaient créer des races qui avaient une apparence particulière ou qui
avaient une compétence ou une personnalité particulière".
Beaucoup de ces relations ont un sens intuitif, a-t-elle dit. "L'une des choses importantes est la situation géographique, c'est-à-dire l'endroit où les races ont été développées", a-t-elle
déclaré.
"La fonction était certainement importante aussi, et il y a certainement une relation entre des chiens ayant la même apparence, comme les schnauzers miniatures et standard.
"Mais il y a toujours des surprises, des choses auxquelles on ne s'attend pas".
L'étude a également présenté des analyses révélant les ombres des croisements qui se cachent dans les chiens modernes "de race pure".
Si le génome de tous les chiens est constitué à 100 % d'ADN canin, une petite partie du génome varie selon les races. Ces parties sont responsables de l'impressionnant spectre de variation de la
taille, de la forme et du comportement des chiens domestiques. Les chercheurs ont séquencé les génomes des chiens sur des milliers de ces sites variables. Lorsque des blocs de ces génomes sont
identiques dans deux races différentes, cela indique un métissage historique entre eux.
Ces nouveaux résultats ont confirmé les antécédents documentés pour certaines races. Heidi Parker, la chercheuse principale de l'étude et également généticienne au NHGRI, a déclaré que les
résultats ont également montré des preuves de croisements qui n'ont pas été documentées ou qui étaient inattendues.
"Nous avons découvert que le berger allemand était plutôt italien", a-t-elle déclaré. "Je ne sais pas encore si nous savons ce qu'est réellement l'histoire du berger allemand, à part qu'il s'agit
d'une des races qui présente le plus grand nombre de croisements avec diverses choses".
Les résultats pour le carlin - originaire de Chine - ont été surprenants. Les éleveurs ont saupoudré un peu de gènes de carlin dans une grande variété de races à travers le monde, sans doute pour
les rendre plus petites.
(…)
Certains chiens de l'étude, comme le teckel ou le loup gris, n'ont aucun lien avec d'autres races.
Selon M. Parker, il y a quelques explications possibles à cela.
"Le partage que nous avons identifié dans l'article avait environ 200 ans ou moins. Quelques races, comme le teckel et le dalmatien, ne
montrent aucune bande de partage à cet âge", a-t-elle déclaré.
"Cela pourrait signifier que ces races ont été fixées dans leur forme actuelle avant cette époque et que personne n'a jugé bon de jouer avec cette forme. Il est
également possible que nous n'ayons tout simplement pas les bonnes races dans l'ensemble de données pour voir d'autres ajouts.
"C'est l'une des raisons pour lesquelles nous continuons à ajouter d'autres races, et notamment des races régionales, à notre arbre, afin de combler les
lacunes".
Quant à l'avenir du projet de génome du chien, Ostrander dit qu'ils font la même analyse entre les différentes races, en utilisant les génomes complets pour la comparaison.
Le projet sur le génome du chien vise à collecter davantage d'échantillons de races de chiens intéressantes ou exotiques. Vous pouvez envoyer un courriel à andrew.hogan@nih.gov pour voir si votre échantillon pourrait être utile dans le cadre de futures recherches.